เรื่องย่อ: คุโด้ ชินอิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปี ที่ได้รับฉายาว่า "ยอดนักสืบแห่งยุคเฮเซ" ถูกชายปริศนาในชุดดำกรอกยาพิษ APTX4869 ทำให้ร่างกายหดตัวกลายเป็นเด็ก เพื่อปกปิดตัวตนเขาจึงใช้ชื่อ "เอโดงาวะ โคนัน" และร่วมมือกับดร.อากาสะ คอยไขคดีต่างๆ พร้อมตามหาเบาะแสขององค์กรชุดดำ